インストール自体は特に何も考えなくてもOK。safe_mode制限ありのモジュール版でも普通にインストールできる。
ただしそのままだとメディアファイルのアップロードや管理画面からのプラグインのインストールができない。少なくとも関連するphpファイルだけはCGIで動くように変更しておく必要がある（全phpをCGIで動くようにしても良い）。
具体的には、次のような .htaccess を wp-admin に置いておく。
<FilesMatch "^(async-upload|plugin-install|update-core)\.php$"> SetHandler application/x-httpd-php5cgi </FilesMatch>
それと、細かい話になるが、safe_modeオンの状態でインストールを実行するとメディアファイルのアップロード先が wp-content になってしまうので、管理画面の「設定」→「その他の設定」でアップロード先のパスをデフォルトに戻しておくこと。あと好みで「アップロードしたファイルを年月ベースのフォルダに整理」にもチェックを入れておく。
これでファイルアップロードとプラグインのインストールができることは確認した。コアのアップグレードは機会があれば試してみる。
参考：セーフモードによる制限と対処方法 WordPress Codex
上の.htaccessの例は、管理画面からインストールしたWP-Syntaxプラグインで色付けした。以下はファイルアップロードのテスト。
蓬莱山から見た風景
